一、在冰箱中保存過久的標本，血清中IgG可聚合成多聚體、AFP可形成二聚體，在間接法ELISA測定試劑盒中會導致本底過深、甚至造成假陽性；標本放置時間過長（如一天以上），有時抗原或抗體免疫活性減弱，亦可出現假陰性。為克服上述干擾，ELISA測定的血清標本宜為新鮮采集；如不能立即測定，5天內測定的血清標本可存放于4℃，1周后測定的血清標本應低溫凍存；凍存后融解的標本，蛋白質局部濃縮，分布不均，應充分混合后再測定，但混勻時應輕柔，不可強烈振蕩。
二、標本溶血
由于各種人為原因引起的標本溶血，均可因紅細胞破壞溶解時釋放出大量具有過氧化物酶活性的血紅蛋白，在以辣根過氧化物酶為標記的ELISA測定中，會導致非特異性顯色。為克服上述干擾作用，標本采集時必須注意避免溶血。
三、標本凝集不全
在沒有促凝劑和抗凝劑存在的情況下，正常血液采集后1/2~2h開始凝固，18~24h*凝固。臨床檢驗工作中，有時為了爭取時間快速檢測，常在血液還未開始凝固時即強行離心分離血清，此時的血清中仍殘留部分纖維蛋白原，在ELISA測定過程中可以形成肉眼可見的纖維蛋白塊，易造成假陽性結果；這類情況于次日復查時因血凝已*，血清中不再有纖維蛋白原存在，故復查結果變為陰性。為避免上述干擾作用，ELISA測定試劑盒解決的辦法是血液標本采集后必須使其充分凝固后再分離血清，或標本采集時用帶分離膠的采血管或于采血管中加入適當的促凝劑。
四、標本管中添加物質的影響
抗凝劑、酶抑制劑及快速分離血清的分離膠等均對ELISA測定有一定干擾作用。
五、標本受細菌污染
因菌體中可能含有內源性辣根過氧化物酶，因此，被細菌污染的標本同溶血標本一樣，ELISA測定試劑盒亦可產生非特異性顯色而干擾測定結果。
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