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瓊脂糖（agarose）是經過挑選，以質地較純的瓊脂（agar）作為原料而制成的。瓊脂在化學上是由瓊脂糖和瓊脂膠組成的復合物。瓊脂膠是一含有硫酸根和羥基的多糖，它具有離子交換性質，這種性質會給電泳及凝膠過濾以不良的影響。瓊脂糖是直鏈多糖，它由D－半乳糖和3,6－脫水－L－半乳糖的殘基交替排列組成。 

瓊脂糖主要通過氫鍵而形成凝膠。電泳時因凝膠含水量大（98－99%），近似自由電泳，因為固體支持物的影響少，故電泳速度快，區帶整齊。而且由于瓊脂糖不含帶電荷的基團，電滲影響很少，是一種較好的電泳材料，分離效果較好。 

血清中脂類物質與血清載脂蛋白結合成水溶性的脂蛋白（lipoprotein）形式存在。各種脂蛋白中所含載脂蛋白的種類及數量不同，各種脂蛋白顆粒大小也相差很大，因此，以瓊脂糖凝膠為支持物，在電場中可使各種脂蛋白顆粒分離開來。